スキャンを全く実施していないアセットも課金対象になりますか？

スキャンを実施していなくても、スキャンが可能な状態（WEBアプリ診断機能が有効となっている）であるアセットは課金対象に含まれます。

テナント内で同時に有効にできるアセット数は契約で決まっているため、その上限まではアセット機能有効化して使うことができます。